גילוי מקום הקבר של רבי מאיר בעל הנס הוא על פי דברי האר"י הקדוש שכותב בס' שער הגלגולים: "לדרום של טבריא בלכתך אל מרחצאות של המים החמים (חמי טבריה) יש שם קברות הצדיקים רחוקים זה מזה ואינם במקום אחד, וכבר הוזכרו שמותם בספר היחוס והם רבי מאיר ורבי ירמיה". ובספר יחוס הצדיקים שעל דבריו סומך האריז"ל כתוב שרבי מאיר הקבור בטבריה הוא רבי מאיר בעל הנס זיע"א. וכן כתבו החיד"א הבן איש חי ובס' סדר הדורות. ובספר מסעות ירושלים מוסיף תיאור מדויק בזו הלשון: והנה מחמי טבריה ולמערב לצד ההר נוטה מעט לדרום, יש שם חצר של ג' כותלים רצוף באבנים, ובאמצע ציון ואבן עגול מהעמודים הישנים זקוף באמצע. ( קודם הקמת בנין בית המדרש על קברו היה כמין חצר ובתוכה היה מקום הציון הקדוש).
ובתלמוד ירושלמי מס' כלאים פ"ט ה"ג מובא שרבי מאיר בהיותו באסיא עמד להיפטר מן העולם ואמר לתלמידיו שיאמרו לבני ישראל שהמשיח שלהם כאן ובפירוש 'פני משה' מבואר שכוונתו היתה לצוות עליהם שיעלו אותו להיקבר בארץ ישראל, ועוד הוסיף רבי מאיר שבעודו באסיא יתנו את ארונו על חוף הים מפני שכתוב על ארץ ישראל "כי הוא על ימים יסדה" ומתוך כך אף עתה יש לו שייכות לארץ הקדושה ששוכנת על חוף ימים. ובוודאי קיימו את צוואתו והוליכו את ארונו לארץ ישראל אל מקום ישיבתו של רבי מאיר בעיר טבריה כמובא בתלמוד ירושלמי במס' חגיגה פ"ב ה"א. ובפירוש עיון יעקב הסביר שבאומרו להניח את ארונו על כיף ימא כוונתו היתה לצוות אותם שלאחר שיעלו אותו לארץ ישראל יקברוהו על שפת הים ולפירוש זה יש הוכחה מדברי התלמוד ירושלמי לכך שרבי מאיר קבור על שפת הים.
הגאון הקדוש רבי יוסף חיים זצוק"ל ה"בן איש חי" כותב בקונטרס "מראות יחזקאל" וזה לשונו הקדוש: 'ושמעתי שקודם כמה שנים, יותר מארבעים שנה, הסירו הכיפה של הבנין אשר עליה עומדת המצבה של רבי מאיר בעל הנס זיע"א לבנותה מחדש, ונראית קרקע התחתונה, וראו כי המצבה התחתונה שעומדת על קבר רבי מאיר בעל הנס ממש היתה מכוונת כנגד המצבה העליונה שהיתה שני אבנים גדולים של סלע מורכבים זו על גבי זו ושם למטה מצאו ניירות ישנים, וגם מצאו אצל קברו של אדוננו רבי מאיר בעל הנס עוד שני קברים (קבר סומכוס, וקבר רבי שמעון בן אלעזר). ואחר שבנו הכיפה מחדש והניחו שתי האבנים הגדולים הנזכרים בכיוון כנגד המצבה התחתונה עשו ציון למעלה גם לשני קברים החדשים אשר ראו.' ומדבריו נמצא כי מקום קברו של רבי מאיר בעל הנס הוא מתחת לאבני השיש העגולות הניצבות עד לימינו אנו בבית המדרש שעל קברו ומתחת לאבני שיש אלו ניצבת מערת הקבורה כפי שניתן לראות בעזרת הנשים של בית המדרש 'אור תורה', כמו"כ ניתן לראות את שני הקברים של תלמידי רבי מאיר כפי שמעיד הבן איש חי זצ"ל.
